1. Liza stanica i denaturacija proteina
U početnoj fazi ekstrakcije plazmidne DNA, stanice se moraju lizirati kako bi se oslobodila DNA koja se nalazi unutra. Ovaj se proces obično postiže korištenjem visokih koncentracija soli, deterdženata ili enzima. U ovom procesu, glavna uloga Trisa je održavati pH otopine stabilnim, čime štiti DNK od kiselog okoliša koji nastaje tijekom procesa lize. Osim toga, Tris također može pomoći u izolaciji DNK iz lizata tako što se veže na proteine i denaturira ih.
2. Solubilizacija i stabilizacija DNA
Nakon lize stanice, plazmidnu DNA treba lizirati i izolirati od ostalih staničnih komponenti. Ovaj se postupak obično postiže korištenjem visoke koncentracije soli ili deterdženta. U ovom procesu, glavna uloga Trisa je osigurati prikladnu ionsku snagu i pH okolinu za promicanje solubilizacije i stabilizacije DNA. Hidroksilne i amino skupine Trisa mogu stvarati vodikove i ionske veze s molekulama DNA, koje stabiliziraju njegovu strukturu i sprječavaju njegovu razgradnju. Osim toga, Tris može dodatno zaštititi DNA od razgradnje inhibicijom aktivnosti nukleaza.
3. Pročišćavanje i obnavljanje DNA
Nakon što se plazmidna DNA izolira iz lizata, često je potreban niz koraka pročišćavanja kako bi se uklonili zaostali proteini, RNA i druge nečistoće. Ovi koraci uključuju ekstrakciju fenolom/kloroformom, taloženje etanolom, itd. U ovom procesu, glavna uloga Trisa je održavanje pH otopine stabilnim, čime se štiti DNK od kiselog ili alkalnog okruženja koje se može pojaviti tijekom pročišćavanja. Osim toga, Tris također može pomoći u obnavljanju čiste plazmidne DNA iz otopine tako što se veže za nečistoće i dopušta im da se talože.
