Tris pufer često je korišten pH pufer koji se široko koristi u biokemijskim eksperimentima. U PCR reakcijama, Tris pufer inhibira aktivnost DNaze uz održavanje pH stabilnosti. Njegov mehanizam djelovanja uglavnom se očituje u sljedećim aspektima:
1. Promjena aktivne konformacije DNaze: Kation u Tris puferu može se vezati na aktivno mjesto DNaze, mijenjajući njenu konformaciju, čime se smanjuje njena aktivnost. Ovaj način djelovanja inhibira aktivnost nukleaza prisutnih u okolišu, štiteći predložak DNK od razgradnje.
2. Kompetitivna inhibicija: Kationi u Tris-u mogu se kompetitivno vezati za DNK šablon s aktivnim centrom DNaze, čime se sprječava vezanje DNaze za šablon i smanjuje njezina aktivnost razgradnje. Ova kompetitivna inhibicija može smanjiti aktivnost DNaze uzrokovanu nečistoćama u reakcijskom sustavu.
3. Povećajte reakcijsku temperaturu: Tris pufer ima dobru stabilnost na visokim temperaturama, tako da može povećati temperaturu PCR reakcije. Visoka temperatura može dodatno inhibirati aktivnost DNAze i poboljšati učinkovitost amplifikacije DNA polimeraze. Kombinacijom visokih temperatura s Tris puferom mogu se eliminirati učinci DNaze i dobiti čišći PCR proizvod.
